Bukan main murkanya Sultan Babullah sehingga mengancam akan memusnahkan kerajaan Bacan. Takut akan ancaman, Bacan berhenti menyuplai bahan makanan. Benteng Ambon jatuh ke tangan Pasukan Islam, Portugis lari ke Malaka. Sultan Babullah menyatakan tidak akan membunuh Kristen anak negeri dan tidak akan dipaksa masuk Islam asal mereka tunduk kepada kekuasaan Sultan.
Masuklah ke era kolonial Kristen Protestan Belanda. Sudah umum pula diketahui bahwa mereka yang tampil memimpin perjuangan mengusir Belanda adalah para pemuka agama Islam. Clefford Greetz (dalam A. Mansur Suryanegara, Menemukan Sejarah : Wacana Pergerakan Islam di Indonesia, 1995) menyebut perlawanan menentang Belanda ini sebagai “pemberontakan Santri’’.
Simbol-simbol perjuangan dan selogannya menonjolkan semangat Islam, semangat jihad dan kesediaan mati syahid. Imam Bonjol di Padang dengan perang Paderinya, Teuku Umar dan Cik Ditiro di Aceh dengan “Perang Sabil” melawan orang “kape”-nya, Diponegoro di Jawa dengan “Perang Sabil” dan jubah putihnya, begitu juga Sultan Hasanuddin di Sulawesi dan Si Singamangaraja ke XII di Toba.
Suryanegara (1995) menyebut, penyebaran Kristen menjadi pangkal perlawanan Si Singamangaraja XII (SSM XII) terhadap Belanda. Ini sejalan dengan pernyataan J.P.G.Westhoff, : ”Untuk tetap memiliki jajahan-jajahan kita, sebagian besar adalah tergantung dari pengkristenan rakyat.”
Aritonang (2005) menyebut SSM XII menentang Zending Kristen dikarenakan Zending dijadikan alat pemerintah Hindia Belanda untuk menguasai wilayahnya. Menurut Suryanegara (1995) daerah–daerah yang telah dipengaruhi Kristen secara administrasi diserahkan oleh misionaris kepada Belanda. Untuk itu pemerintah Belanda merasa berhutang budi kepada missionaris Nomensen sehingga 1991 ia diberi bintang Officer van Oranje-Nassau.
Fakta-fakta yang disampaikan Suryanegara (1995) berupa kliping koran yang diterbitkan Belanda dan kenyataan bahwa dalam perlawanannya menentang Belanda Raja Toba itu dibantu oleh Panglima Nali dari Minangkabau dan Panglima Teuku Mohammad dari Aceh, meyakinkan Bahwa SSM XII adalah muslim.
Bagaimana sikap orang-orang yang telah “ditunjuki” Belanda kepada Kristen ? T.B. Simatupang (1989) menuturkan : “Orang-orang Kristen yang menjadi nasionalis –yang berarti menentang Belanda, dianggap oleh gereja sebagai tidak lagi orang-orang Kristen yang baik.” Sementara tokoh Kristen lainnya, Dr. Mulia (dalam Simatupang 1989) mengakui adaya kesan bahwa misi Kristen di Tapanuli, Minabasa dan Maluku hanya melayani tata hidup kolonial dan kapitalis. Artinya, gereja secara lembaga tidak berada pada barisan perjuangan kemerdekaan, melainkan di pihak penjajah Belanda.
