Setelah tidak menjadi eksekutif lagi, Mahfud melirik terjun ke dunia legislatif. Awalnya, dia bergabung dengan Partai Amanat Nasional (PAN), partai besutan Amien Rais, tapi akhirnya memilih mantap ke Partai Kebangkitan Bangsa (PKB), pertai yang didirikan oleh Abdurrahman Wahid.
Pada pemilu 2004, Mahfud terbukti terpilih sebagai anggota legislatif dari PKB untuk periode 2004-2009. Di masa jabatannya berakhir di DPR, pada 2008, Mahfud mengikuti uji kelayakan calon hakim konstitusi. Ia lolos seleksi dan terpilih juga sebagai Ketua Mahkamah Konstitusi (MK) untuk periode 2008-2013.
Seperti dilansir dari situs MK, ketegasan, kelugasan, dan kejujuran Mahfud saat memimpin Mahkamah Konstitusi semakin membawa harum namanya dan lembaga yudikatif tersebut.(kl/aktual)
